《新干线变形机器人》讲述了孩子们成为“新干线变形机器人”的驾驶员的故事，该机器人将E5系隼号、N700A希望号等真实的新干线列车变形，与大人一起合作对抗敌人。电影版“新干线变形机器人”。 ALFA-X 是下一代新干线开发的测试车辆，以 Shinkalion 的形式出现，并描绘了它如何与新驾驶员战斗。随着以地球为目标的新敌人菜羽的出现，隼人和他的团队“新卡利翁队”再次投入战斗，但隼人的父亲北斗却因菜羽的袭击而失踪。隼人无法掩饰他的焦虑，但 9 岁的北斗却跨越时空出现。穿越回过去的男孩北斗决定成为 Shinkalion ALFA-X 的驾驶员，这是一辆采用最新技术制造的车辆，以保护地球并回到原来的时间。